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从FFPE样品中获得完整性好的RNA--Covaris FFPE样本解决方案

版权所有,转载请联系基因市场部
2019-05-31

“实验室里面一位资深科学家第一次给我看这个数据的时候,我想这数据差别那么大一定是哪里出错了,因此我们用不同批次的样品对结果进行了二次验证。但是类似的现象再次出现!”

——Shawn Levy

到底是什么让来自HudsonAlpha生物技术研究院和阿拉巴马大学的Shawn Levy副教授如此惊讶?


HudsonAlpha研究所的ORIEN(Oncology Research Information Exchange Network,肿瘤研究信息交换网络)项目由19家癌症研究中心和M2Gen医疗公司共同参与。该项目通过分析各癌症中心提供的病人样本,并对这些数据进行整合来不断完善其信息网络的疾病信息,同时该项目的成员公司和癌症中心也可以通过该网络获得更多疾病信息。该项目还通过帮助病人找到合适的临床试验来推动癌症临床发展。


为了得到可靠、高质量数据,HudsonAlpha研究所投入大量精力和时间优化整个流程,包括从样品准备,建库到测序条件。他们很快意识到,提高样品质量对下游检测十分重要,尤其是容易降解的RNA。DV200(%)是衡量RNA样品质量的一个重要指标,DV200值越高证明RNA完整性越好。对于一些建库试剂盒,更是注明不建议使用DV200低于20%的RNA样品。在测试了众多不同产品之后,HudsonAlpha研究所选择了Covaris品牌的truXTRAC系列产品作为他们处理FFPE样本的最终方案。是什么原因促使他们做出这样的选择?让我们来看一下他们的对比数据。


首先,他们对不同组织的FFPE样品进行比较,发现利用Covaris truXTRAC系列产品提取的RNA的DV200明显高于之前一直沿用的方法(下面也称作标准方法)。


他们继续在不同形式的FFPE样品上进行比较,首先是FFPE切片:

从结果可以看出,适合用于下游建库的RNA(即DV200>20%),标准方法中只有22/95(约23.2%)的样品合格,而用Covaris提取的则高达89/90(约98.9%)。除此以外,Covaris有一半以上的样品DV200>30%,有些样本更是高达80%!


接下来,他们在FFPE蜡卷样本上进行测试:

令人意外的结果出现了,对于标准方法,蜡卷样品DV200>20%的数量大大减少,只有6/79(约7.6%)。而用Covaris方法提取的全部样品DV200都在40%以上,有些甚至接近90%!Dr. Levy也对结果有点不敢相信:“实验室里面的资深科学家第一次给我看这个数据的时候,我想,这数据(差别那么大)一定是哪里出错了,因此我们用不同批次的样品二次验证。结果类似的现象再次出现。”


他们继续把Covaris truXTRAC系列产品提取得到的RNA产物用于建库,而建库质检的通过率高达85%!使用该方法,Dr. Levy和其团队从2018年1月到2019年3月已经完成了约4808个FFPE样品的RNA提取。

(有视频有真相,AACR大会原视频连接:https://covaris.com/resources/videos_conferences/)(要翻墙)

Covaris truXTRAC FFPE核酸提取产品优势

脱蜡更彻底使用AFA技术处理FFPE样品是样品主动脱蜡,脱蜡更快更彻底,同时AFA超声帮助蛋白酶K和裂解液全方位深入组织内部,消化更彻底,从而提高核酸产量和质量。


提取的核酸样本质量更好:完整性更好的核酸样本提高了NGS文库质量:更好的基因组覆盖度,均一性更好。

FFPE样本与新鲜样本提取DNA测序覆盖度比较:其中横坐标表示染色体,深色为覆盖度大于10X的区域,Covaris truXTRAC?提取的样本覆盖度更加均匀,更接近新鲜样本。

基因有限公司作为Covaris公司中国区合作伙伴和独家代理商,为您提供最完整的DNA 片段化解决方案,也可为您提供ChIP实验,FFPE样本核酸提取解决方案等。想要了解更多,请关注我们的官方微信“基因快讯”或联系您身边的基因有限公司员工。


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