当前位置:首页 > 技术交流 > 最新应用

技术交流

扫描二维码
或添加“GeneGroup003
获取更多最新资讯

商城订购

扫描二维码
或添加“生物通ebiobuy
手机下单,快人一步

贝晶GSEA隐藏分析:蛋白质网络互作—高阶应用篇

版权所有,转载请联系基因市场部
2019-05-24

String数据库想必做蛋白质研究的人都知道,它收录两千多个物种和百万种蛋白质,分析过程中将差异表达蛋白映射到 STRING数据库中,获得差异蛋白的相互作用关系信息。搜索也比较简便,直接输入即可。

但是要是很多个呢,或者是转录组数据分析之后的结果,少则几十,多则上百,甚至上千。倘若如此,岂不是工作量极大,还有可能遗漏。

还记得前两期贝晶GSEA数据吗?其实内含内含隐藏的蛋白质数据。具体操作步骤如下:

STEP 1

打开贝晶GSEA文件夹,点击相应的.html文件,便得到如下图示,再点击右边的“click”。

image.png

STEP 2

转到如下页面,展示的页面是该geneset 里面基因的名字与这个基因在转录组实验中具体的表达量。

 

STEP 3

任意选取其中一个基因,点击便可以连接到如下页面。

image.png

STEP 4

然后继续往下拖,便可来的该基因表达蛋白的网络互作图。

image.png

STEP 5

上图是TOP5的蛋白质互作,点击该图片,可以得到更多的与之相关联的蛋白质互作图,如下所示。还记得如下Arc Diagram

 

image.png

 

可否还记得贝晶生物Arc Diagram

 

image.png

把转录因子目标基因,激酶作用的基因,以及蛋白互作相关基因结合起来做出Arc Diagram ,能够直观的从图上看出它们之间相能够直观的从图上看出他们之间相互作用关系。

 

2019

对RNA-Seq的用户只需一个样本测序的费用就可以享受一组GSEA!

对贝晶表达谱芯片服务用户,GSEA免费体验!

 

具体情况请联系身边的基因人或直接拨打电话021-67285083


欢迎关注“基因快讯”官方微信

沪公网安备 31010402003540号 沪ICP备13000399号-1

1204基地看片你懂的,最新1204基地手机视频,1204基地